رفع دعوى تشهير ضده في المحكمة المركزية. 
وفي ردّها على استئناف بكري، قررت العليا بأغلبية قضاتها تحميل بكري المسؤولية عن العروض الأربعة للفيلم التي جرت بين عامي 2010 و 2012، وذلك من خلال رأي الأغلبية للقاضيين (شتاين) و (مينتس)، بأن بكري يتحمل مسؤولية نشر الفيلم على شبكة الانترنت من جهة، والإبقاء على قرار المحكمة المركزية بأدانته، يشمل عرض الفيلم في إسرائيل بشكل كلّي من جهة أخرى.
ويربط قضاة المحكمة الخلاصة التي توصلوا إليها بـ " الهجوم على فندق "بارك" في نتانيا وقتل 30 إسرائيلياً ما أدى إلى اجتياح الجيش الإسرائيلي إلى مخيم جنين في أعقابه، والذي أسفر عن مقتل 23 جندياً وجرح العشرات ".
وجاء في صلب اعتماد العليا على ردّ الاستئناف، أن " بكري أقدم بعد الاجتياح على تصوير "ما يُسمى فيلمه الوثائقي"، ويعرض فيه ردود فعل سكان المخيم على الأحداث التي وقعت خلال العملية ".
وتستند العليا في قرارها على ادعاء جندي شارك في القتال في اجتياح جنين واكتشف لاحقا أن صورته تظهر في أحد مشاهد الفيلم والدعوى التي قدّمها استناداً على أربعة عروض للفيلم أقيمت في الفترة ما بين 2010 - 2012 وكذلك تحميل الفيلم على شبكة الانترنت.
وكررت المحكمة العليا نصوص واضحة تدين بكري على أن " فيلم "جنين جنين" يتضمن أكاذيب وافتراءات على جنود الجيش الإسرائيلي وعلى الجندي المذكور خصوصا "، لكن انقسمت آراء القضاة على " مسألة التقادم بما يتعلق بالدعوى التي قدمها الجندي، ووفقا للقضاة الثلاثة أن ادعاء مغناجي لم يسقط مع مرور الوقت والأخذ بعين الاعتبار العروض الأربعة للفيلم التي عُرِضت بين 2010 - 2012 التي يعتمد الجندي عليها في شكواه ".
القاضيان شطاين ومينتس قررا الإبقاء على التعويضات بمبلغ 175 ألف شيكل التي فرضتها المحكمة المركزية للجندي ومنع عرض الفيلم في اسرائيل، بينما القاضي أميت - وهو رأي الأقلية - قال  " أن المشهد الذي يظهر فيه الجندي أربع ثوان فقط ويكفي إزالة المقطع فقط وتقليص عملية القيود المفروضة على الفيلم ككل، وإسقاط مسؤولية بكري عن تحميل الفيلم على الانترنت، لكون جهة ثالثة من قامت بذلك "، وعليه اقترح القاضي أميت تعديل مبلغ التعويض ل 100 ألف شيكل فقط، لكن القضاة الآخرين رفضوا رأي القاضي أميت.

" لست نادما على شيء "
وفي تعقيبه الأول على قرار المحكمة قال بكري " أنه غير نادم على شيء، ولو عاد الزمان به الى الوراء لكان سيعيد تصوير الفيلم ليفضح به الجرائم غير الانسانية التي ارتكبها جيش الاحتلال في اجتياحه لمخيم جنين البطل"، كما قال في تصريحات أدلى بها.
وأضاف بكري :" إن محاولة اعتماد المحكمة على إفادات شهود العيان من سكان المخيم الذين تواجدوا في المكان خلال الاجتياح الاسرائيلي للمخيم والاتهام بأنها مفبركة هو بمثابة ذرّ للرماد بالعيون ، لأنه كفنان لم يتدخل في مضمون الشهادات أو توجيههم، وهذه هي الحقيقه التي لا يريد الاحتلال سماعها لانها تفضح جرائمه ".

" لن نترك الحصان وحيدا "
أما أصدقاء الفنان محمد بكري الذين قادوا حملة تضامن واسعة محليا وعالميا تحت شعار فعقّبوا على قرار العليا بالقول : "وهكذا تصل حملة ملاحقة الفنان بكري الى ذروة جديدة في الاجواء العنصريّة السائدة في البلاد بعد حملة استمرت لأكثر من 20 عاما، وقد كانت مساندتنا له من خلال اختيار شعار الحملة "لن نترك الحصان وحيدا" على أنها ايضا رسالة لكل مبدعينا وفنانينا، فمن خلال الوقوف الى جانب الفنان محمد بكري قلنا ونقول، أننا لن نترك أحدا منهم يواجه آلة قمع الحريات والابداع لوحده، أما بما يتعلق برفض المحكمة للالتماس فهو قرار سياسي صرف، يُخرِج الجانب القانوني للدعوى المقدّمة من السياق ويضع القضاء الاسرائيلي في خانة غير حيادية".